ALTITUDEOMICSDB

Troponin C

AltitudeomicsDB

Protein Official symbol	TNNC1
Aliases	TNNC1 TNNC
Chromosomal Location	3
Length	161
Uniprot ID	P63316
EC number	None
Protein family Information(Pfam)	PF13499;
PDB id	1AP4;1IH0;1J1D;1J1E;1LXF;1MXL;1OZS;1SPY;1WRK;1WRL;2JT0;2JT3;2JT8;2JTZ;2JXL;2KDH;2KFX;2KGB;2KRD;2L1R;2L98;2MKP;2MLE;2MLF;2MZP;2N79;2N7L;3RV5;3SD6;3SWB;4GJE;4GJF;4GJG;4Y99;5VLN;5W88;5WCL;6KN7;6KN8;6MV3;
InterPro ID	IPR011992;IPR018247;IPR002048;
dbSNP	rs267607125 rs267607123 rs267607126 rs397516847 rs267607124

Protein Protein Interaction

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AltitudeomicsDB

Protein 1	Protein 2	Combine Score
TNNI2	TNNT3	0.999
NEB	TTN	0.999
TNNI2	TNNC2	0.997
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TTN	TNNI3	0.974
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MYH3	MYL3	0.972
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TNNT1	TPM2	0.97
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TPM3	TNNT3	0.962
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TPM4	MYL1	0.961
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ACTN3	TPM1	0.958
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TNNT1	MYH6	0.957
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NEB	TNNT1	0.957
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TPM3	TMOD2	0.954
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ACTN3	TPM3	0.951
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DES	TNNI1	0.914
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VIM	TNNT3	0.911
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VIM	MYL4	0.908
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MYH3	TMOD3	0.908
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MYL3	MYL4	0.903
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VIM	TMOD2	0.903
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MYL4	TMOD2	0.902
TCAP	TMOD3	0.902
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TNNC2	TMOD3	0.9

Gene Ontology Semantic Similarity

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4633 (MYL2)	0.74	0.72	0.80	0.73	1.00	0.76	1.00	0.27	1.00	0.67	0.70	0.80	0.74	0.78	0.71	0.74	0.59	0.65	0.69	0.50	0.75	0.65	0.75	0.80	0.76	0.42	0.50	0.83	0.70	0.69	0.74	0.74	0.68	0.78
7137 (TNNI3)	0.76	0.68	0.81	0.73	0.26	0.69	1.00	0.40	0.67	1.00	0.82	0.53	0.70	0.75	0.71	0.79	0.65	0.62	0.70	0.56	0.71	0.76	0.66	0.69	0.69	0.55	0.46	0.70	0.68	0.70	0.72	0.73	0.69	0.73
7136 (TNNI2)	0.74	0.62	0.82	0.73	0.26	0.73	1.00	0.31	0.70	0.82	1.00	0.61	0.74	0.75	0.69	0.79	0.82	0.69	0.70	0.66	0.71	0.77	0.70	0.72	0.66	0.50	0.40	0.69	0.73	0.70	0.71	0.80	0.71	0.73
4634 (MYL3)	0.52	0.51	0.55	0.52	1.00	0.60	0.60	0.20	0.80	0.53	0.61	1.00	0.67	0.67	0.54	0.48	0.60	0.80	0.60	0.43	0.68	0.55	0.60	0.69	0.65	0.34	0.49	0.58	0.43	0.60	0.67	0.61	0.48	0.72
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88 (ACTN2)	0.67	0.70	0.67	0.66	1.00	0.83	1.00	0.34	0.71	0.71	0.69	0.54	0.75	0.82	1.00	0.71	0.54	0.48	0.84	0.52	0.72	0.68	0.83	0.74	0.77	0.49	0.48	0.77	0.64	0.84	0.76	0.76	0.73	0.73
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7170 (TPM3)	0.67	0.67	0.80	0.66	0.48	0.71	1.00	0.33	0.65	0.76	0.77	0.55	0.73	0.76	0.68	0.76	0.63	0.66	0.69	0.54	0.79	1.00	0.68	0.69	0.71	0.58	0.50	0.74	0.62	0.69	0.77	0.74	0.70	0.83
89 (ACTN3)	0.63	0.68	0.66	0.62	1.00	0.81	1.00	0.30	0.75	0.66	0.70	0.60	0.80	0.82	0.83	0.73	0.51	0.47	0.69	0.49	0.78	0.68	1.00	0.76	0.72	0.44	0.47	0.81	0.60	0.69	0.77	0.76	0.73	0.81
1756 (DMD)	0.66	0.69	0.70	0.65	1.00	0.77	1.00	0.32	0.80	0.69	0.72	0.69	0.77	0.86	0.74	0.66	0.61	0.55	0.70	0.52	0.77	0.69	0.76	1.00	0.77	0.46	0.55	0.75	0.60	0.70	0.77	0.84	0.76	0.79
4607 (MYBPC3)	0.62	0.74	0.69	0.61	1.00	0.76	1.00	0.30	0.76	0.69	0.66	0.65	0.78	0.82	0.77	0.69	0.57	0.60	0.70	0.53	0.84	0.71	0.72	0.77	1.00	0.50	0.58	0.78	0.58	0.70	0.88	0.76	0.69	0.79
4621 (MYH3)	0.62	0.51	0.57	0.62	0.21	0.48	0.82	0.79	0.42	0.55	0.50	0.34	0.52	0.54	0.49	0.55	0.40	0.46	0.56	0.32	0.51	0.58	0.44	0.46	0.50	1.00	0.76	0.52	0.60	0.56	0.52	0.46	0.48	0.53
4626 (MYH8)	0.52	0.48	0.45	0.52	1.00	0.48	0.60	0.67	0.50	0.46	0.40	0.49	0.54	0.57	0.48	0.45	0.35	0.42	0.60	0.28	0.56	0.50	0.47	0.55	0.58	0.76	1.00	0.51	0.48	0.60	0.56	0.44	0.42	0.57
7171 (TPM4)	0.72	0.78	0.83	0.71	1.00	0.75	1.00	0.30	0.83	0.70	0.69	0.58	0.91	0.91	0.77	0.85	0.52	0.53	0.69	0.47	0.82	0.74	0.81	0.75	0.78	0.52	0.51	1.00	0.70	0.69	0.81	0.76	0.72	0.85
7138 (TNNT1)	0.89	0.63	0.76	0.90	0.26	0.65	1.00	0.52	0.70	0.68	0.73	0.43	0.57	0.63	0.64	0.79	0.63	0.46	1.00	0.60	0.57	0.62	0.60	0.60	0.58	0.60	0.48	0.70	1.00	1.00	0.59	0.67	0.64	0.58
29767 (TMOD2)	1.00	0.70	0.70	1.00	0.18	0.70	0.69	0.40	0.69	0.70	0.70	0.60	0.70	0.84	0.84	0.70	1.00	0.60	1.00	1.00	0.69	0.69	0.69	0.70	0.70	0.56	0.60	0.69	1.00	1.00	0.70	0.84	0.69	0.69
4604 (MYBPC1)	0.64	0.76	0.74	0.63	1.00	0.82	1.00	0.28	0.74	0.72	0.71	0.67	0.81	0.84	0.76	0.72	0.61	0.61	0.70	0.55	0.97	0.77	0.77	0.77	0.88	0.52	0.56	0.81	0.59	0.70	1.00	0.77	0.70	0.90
1674 (DES)	0.71	0.70	0.73	0.71	0.59	0.79	1.00	0.31	0.74	0.73	0.80	0.61	0.77	0.88	0.76	0.74	0.66	0.56	0.84	0.60	0.76	0.74	0.76	0.84	0.76	0.46	0.44	0.76	0.67	0.84	0.77	1.00	0.85	0.78
7431 (VIM)	0.65	0.66	0.68	0.64	0.59	0.74	1.00	0.33	0.68	0.69	0.71	0.48	0.68	0.79	0.73	0.68	0.51	0.46	0.69	0.49	0.70	0.70	0.73	0.76	0.69	0.48	0.42	0.72	0.64	0.69	0.70	0.85	1.00	0.72
4703 (NEB)	0.64	0.72	0.77	0.62	1.00	0.80	1.00	0.27	0.78	0.73	0.73	0.72	0.85	0.85	0.73	0.74	0.60	0.64	0.69	0.51	0.93	0.83	0.81	0.79	0.79	0.53	0.57	0.85	0.58	0.69	0.90	0.78	0.72	1.00

Association with High Altitude

Protein Official symbol	Source Organism	Tissue of Expression	Level of hypoxia	Altitude	Duration of experiment	Level of expression	Fold change	Experiment details	geographical location	ethnicity of the patients	Control group	Control (Fold change)	Reference (PMID)
TNNC1	Toad	Heart	-	3464 m	33 day	downregulated	-3.339412431	RNA-seq	Tibetan Plateau	Asiatic toad	1	Zoige (High altitute Toad) Vs Chengdu (Low altitude toad) -	28673260

Association with TF

TF	TF Entrez	Gene	Gene Entrez	Type	PMID	Database
EP300	2033	TNNC1	7134	distal	22955619	TRANSFAC
TCF12	6938	TNNC1	7134	distal	22955619	TRANSFAC

Association with miRNA

miRTarBase ID	miRNA	Species (miRNA)	Protein Official Symbol	Human Entrez ID	Species (Target Gene)	Experiments	Support Type	References (PMID)
MIRT017278	hsa-miR-335-5p	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	Microarray	Functional MTI (Weak)	18185580
MIRT627385	hsa-miR-20b-3p	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327
MIRT627387	hsa-miR-513c-3p	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327
MIRT627382	hsa-miR-3686	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327
MIRT627383	hsa-miR-4732-5p	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327
MIRT627384	hsa-miR-6832-5p	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327
MIRT627381	hsa-miR-4743-3p	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327
MIRT627389	hsa-miR-3606-3p	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327
MIRT627388	hsa-miR-513a-3p	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327
MIRT627386	hsa-miR-3137	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327
MIRT627380	hsa-miR-4652-3p	Homo sapiens	TNNC1	7134	Homo sapiens	HITS-CLIP	Functional MTI (Weak)	23824327

Gene Ontology

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7134	GO:0005515	protein binding	GOTERM_MF_DIRECT
7134	GO:0031014	thiamine pyrophosphate binding	GOTERM_MF_DIRECT
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7134	GO:0015629	actin cytoskeleton	GOTERM_CC_DIRECT
7134	GO:0032972	regulation of muscle filament sliding speed	GOTERM_BP_DIRECT
7134	GO:0055010	ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis	GOTERM_BP_DIRECT
7134	GO:0014883	transition between fast and slow fiber	GOTERM_BP_DIRECT
7134	GO:0030049	muscle filament sliding	GOTERM_BP_DIRECT
7134	GO:0060048	cardiac muscle contraction	GOTERM_BP_DIRECT
7134	GO:0031013	Tat protein binding	GOTERM_MF_DIRECT
7134	GO:0043462	regulation of ATPase activity	GOTERM_BP_DIRECT
7134	GO:0006937	regulation of muscle contraction	GOTERM_BP_DIRECT
7134	GO:0048306	calcium-dependent protein binding	GOTERM_MF_DIRECT
7134	GO:0005861	troponin complex	GOTERM_CC_DIRECT
7134	GO:0042803	protein homodimerization activity	GOTERM_MF_DIRECT
7134	GO:0002086	diaphragm contraction	GOTERM_BP_DIRECT
7134	GO:0010038	response to metal ion	GOTERM_BP_DIRECT
7134	GO:0005654	nucleoplasm	GOTERM_CC_DIRECT
7134	GO:0005509	calcium ion binding	GOTERM_MF_DIRECT
7134	GO:0003009	skeletal muscle contraction	GOTERM_BP_DIRECT

Pathways

Human Entrez ID	KEGG ID	KEGG Term
7134	hsa04020	Calcium signaling pathway
7134	hsa04260	Cardiac muscle contraction
7134	hsa04261	Adrenergic signaling in cardiomyocytes
7134	hsa05410	Hypertrophic cardiomyopathy
7134	hsa05414	Dilated cardiomyopathy

Association with Disease

Protein Official Symbol	Human Entrez ID	Disease Name	Disease Id	Disease Semantic Type	Semantic score	DSI	DPI	Disease Type
TNNC1	7134	Cardiomyopathy, Familial Hypertrophic, 13	C2750472	Disease or Syndrome	0.7	0.701	0.276	disease
TNNC1	7134	Cardiomyopathy, Dilated, 1z	C2678475	Disease or Syndrome	0.6	0.701	0.276	disease
TNNC1	7134	Charcot-Marie-Tooth Disease	C0007959	Disease or Syndrome	0.3	0.701	0.276	disease
TNNC1	7134	Hypertrophic Cardiomyopathy	C0007194	Disease or Syndrome	0.5	0.701	0.276	disease
TNNC1	7134	Cardiomyopathy, Dilated	C0007193	Disease or Syndrome	0.5	0.701	0.276	group
TNNC1	7134	Conduction disorder of the heart	C0264886	Disease or Syndrome	0.3	0.701	0.276	group
TNNC1	7134	Familial dilated cardiomyopathy	C0340427	Disease or Syndrome	0.3	0.701	0.276	disease

Association with Drug

Protein Official Symbol	Human Entrez ID	drug_claim_primary_name	drug_name	drug_chembl_id	interaction_types
TNNC1	7134	BEPRIDIL	BEPRIDIL	CHEMBL1008	None
TNNC1	7134	BEPRIDIL	BEPRIDIL	CHEMBL1008	None
TNNC1	7134	DIHYDROXYALUMINIUM	ALUMINIUM GLYCINATE	CHEMBL3707233	stimulator
TNNC1	7134	LEVOSIMENDAN	LEVOSIMENDAN	CHEMBL2051955	stimulator
TNNC1	7134	LEVOSIMENDAN	LEVOSIMENDAN	CHEMBL2051955	None
TNNC1	7134	LEVOSIMENDAN	LEVOSIMENDAN	CHEMBL2051955	None
TNNC1	7134	TIRAMSETIV	None	None	None